Otro hecho sin precedente se dio en el Tribunal Estatal Electoral donde los Magistrados declararon nulas las elecciones en el municipio de Ciénega de Flores al encontrar la existencia de la violación a los principios constitucionales como es la participación y petición del voto por parte de sacerdotes y pastores a favor del alcalde electo Pedro Quiñones.

La denuncia fue interpuesta por Acción Nacional, Nueva Alianza, PRI, RED y Verde Ecologista quienes pidieron la anulación de las elecciones; anulación de casillas y modificación a la distribución de regidurías por representación proporcional.

Los demandantes presentaron videos e imágenes donde el pasado 29 de abril en el arranque de campaña se realizó un acto religioso por parte del hoy alcalde electo independiente Pedro Quiñones tuvo la participación de cuatro religiosos y artículos que pidieron votar por él y mostrando cómo hacerlo además de que destacaron sus cualidades y agradecieron a Dios por el candidato

Por lo anterior declaró existente la violación de principios Constitucionales al haber recibido apoyo de sacerdotes y pastores y en los alegatos fue aceptado por el mismo alcalde electo por lo que el TEE declaró la nulidad de la elección del municipio por lo que se revocan la constancia de mayoría al contendiente ganador y la planilla del ayuntamiento Por tanto se ordenó a la Comisión Estatal Electoral nuevas elecciones para dicho municipio.