El General José Rodríguez Pérez, el capitán José Martínez Crespo y el sargento Eduardo Mota Esquivel, Fabián Alejandro Pirita, subteniente de Sedena recibieron formal prisión luego de que el Juez hallara elementos suficientes en el caso de los 43 normalistas de Ayotzinapa desaparecidos
Rodríguez Pérez es señalado por la Fiscalía General de la República como partícipe en el caso y su presunta responsabilidad en el delito de delincuencia organizada, en su modalidad de delitos contra la salud.
El juez Segundo de Distrito de Procesos Penales Federales en el Estado de México, Enrique Beltrán Santes, consideró que la FGR presentó elementos de prueba que hacen presumir que el militar guarda relación con el grupo criminal Guerreros Unidos, el cual atacó y desapareció a los 43 normalistas de Ayotzinapa.
El 26 y 27 de septiembre de 2014, cuando fueron atacados los normalistas por Guerreros Unidos, Rodríguez Pérez era el comandante del 27 Batallón de Infantería en Iguala y tenía el grado de coronel.
Rodríguez Pérez está en la prisión del Campo Militar 1-A, lo mismo que los otros militares mencionados, debido a razones de seguridad.
